1．透射式熒光顯微鏡：激發(fa)光(guang)源是通過聚(ju)光(guang)鏡(jing)(jing)穿過標本材料來激發(fa)熒(ying)(ying)光(guang)的。常用暗(an)視野集光(guang)器(qi)，也可用普通集光(guang)器(qi)，調節反光(guang)鏡(jing)(jing)使激發(fa)光(guang)轉射(she)(she)和(he)旁射(she)(she)到標本上(shang)．這是比較舊式的熒(ying)(ying)光(guang)顯微鏡(jing)(jing)。其優點是低(di)倍鏡(jing)(jing)時熒(ying)(ying)光(guang)強，而缺點是隨放大(da)倍數(shu)增加其熒(ying)(ying)光(guang)減弱．所以對(dui)觀察較大(da)的標本材料較好。

2．落射式熒光顯微鏡：這(zhe)是(shi)(shi)近代發(fa)展起(qi)來的(de)(de)新式熒(ying)光(guang)(guang)顯微(wei)鏡(jing)，與(yu)上(shang)(shang)(shang)不(bu)同(tong)處是(shi)(shi)激(ji)(ji)(ji)(ji)發(fa)光(guang)(guang)從物(wu)鏡(jing)向(xiang)下落(luo)射到(dao)標本表面(mian)，即用同(tong)一物(wu)鏡(jing)作(zuo)為照明聚(ju)光(guang)(guang)器和收(shou)集熒(ying)光(guang)(guang)的(de)(de)物(wu)鏡(jing)。光(guang)(guang)路中(zhong)需(xu)加(jia)上(shang)(shang)(shang)一個雙(shuang)色(se)束分離(li)器，它與(yu)光(guang)(guang)鈾呈45度角，激(ji)(ji)(ji)(ji)發(fa)光(guang)(guang)被反(fan)射到(dao)物(wu)鏡(jing)中(zhong)，并(bing)聚(ju)集在(zai)樣(yang)品上(shang)(shang)(shang)，樣(yang)品所產生(sheng)的(de)(de)熒(ying)光(guang)(guang)以及由物(wu)鏡(jing)透鏡(jing)表面(mian)、蓋玻片(pian)表面(mian)反(fan)射的(de)(de)激(ji)(ji)(ji)(ji)發(fa)光(guang)(guang)同(tong)時進(jin)入(ru)物(wu)鏡(jing)，反(fan)回到(dao)雙(shuang)色(se)束分離(li)器，使激(ji)(ji)(ji)(ji)發(fa)光(guang)(guang)和熒(ying)光(guang)(guang)分開(kai)，殘余激(ji)(ji)(ji)(ji)發(fa)光(guang)(guang)再被阻斷(duan)濾(lv)片(pian)吸(xi)收(shou)。如換用不(bu)同(tong)的(de)(de)激(ji)(ji)(ji)(ji)發(fa)濾(lv)片(pian)／雙(shuang)色(se)束分離(li)器／阻斷(duan)濾(lv)片(pian)的(de)(de)組合插塊，可滿足(zu)不(bu)同(tong)熒(ying)光(guang)(guang)反(fan)應產物(wu)的(de)(de)需(xu)要(yao)。此種熒(ying)光(guang)(guang)顯微(wei)鏡(jing)的(de)(de)優點(dian)是(shi)(shi)視野照明均勻，成像清晰，放(fang)大倍(bei)數愈大熒(ying)光(guang)(guang)愈強。

透射熒光顯微鏡的優點及缺點

光源：高壓汞(gong)燈或鹵素(su)燈。

聚光鏡：使(shi)用暗場聚光鏡，使(shi)激(ji)發光和熒光分離出來。

物(wu)(wu)鏡：可(ke)用任何種(zhong)類的物(wu)(wu)鏡。

標本：因為是透射觀察，薄(bo)的標本比較適合。

優點：①由于(yu)用了暗(an)場(chang)聚光(guang)鏡(jing)，激(ji)發光(guang)不(bu)能進入物鏡(jing)，因此容易形(xing)成暗(an)的(de)背(bei)景，得到良好的(de)反(fan)差，且任何物鏡(jing)都可用于(yu)觀察。②用低(di)倍(bei)物鏡(jing)時，比反(fan)射(she)熒光(guang)顯微鏡(jing)更亮。

缺(que)點：必須正確調整(zheng)聚(ju)光(guang)鏡中心和高度，否則不能(neng)獲得(de)明(ming)亮(liang)的(de)熒(ying)光(guang)像。由于(yu)暗(an)視(shi)場聚(ju)光(guang)鏡焦距限制，不能(neng)使用厚的(de)載(zai)玻片。視(shi)場照明(ming)區不能(neng)過大(da)，否則容易使熒(ying)光(guang)標本熒(ying)光(guang)色衰褪。厚的(de)或(huo)不透明(ming)的(de)標本不適(shi)用。

反射熒光顯微鏡的優點及缺點
光源：高壓汞燈或鹵(lu)素燈。

聚光鏡：因(yin)為物(wu)鏡作為聚光鏡，所以不需(xu)要聚光鏡。

物(wu)鏡：所用(yong)物(wu)鏡必須能透(tou)過足(zu)夠(gou)的(de)紫外(wai)光，而且本身不產生熒光，對數(shu)值(zhi)孔徑沒有限制(zhi)。

標本(ben)：厚的(de)標本(ben)或不透明的(de)標本(ben)都能觀察。

優點：①由于物鏡(jing)兼作(zuo)聚(ju)光(guang)鏡(jing)，不需(xu)要很多調節。②采用柯拉(la)照(zhao)明法(fa)(fa)，可利用孔徑(jing)光(guang)闌和(he)視場光(guang)闌的(de)(de)效果。③物鏡(jing)數值(zhi)孔徑(jing)不受限(xian)制，在(zai)高放大倍率時，也(ye)(ye)可以獲得高分辨率的(de)(de)像。④厚(hou)的(de)(de)或不透(tou)明的(de)(de)標本也(ye)(ye)能(neng)觀察，厚(hou)的(de)(de)蓋(gai)玻片也(ye)(ye)能(neng)使(shi)用。⑤其(qi)它(ta)觀察法(fa)(fa)也(ye)(ye)能(neng)與反射熒(ying)光(guang)結合(he)使(shi)用，特別和(he)相(xiang)差法(fa)(fa)和(he)透(tou)射微分干涉差法(fa)(fa)相(xiang)結合(he)。⑥可以避免(mian)不必要的(de)(de)熒(ying)光(guang)色(se)衰褪現(xian)象(xiang)。

缺點(dian)：在用(yong)地倍率(lv)物鏡(jing)(jing)時(shi)，像比較暗，因此必(bi)須用(yong)大數值孔(kong)徑的物鏡(jing)(jing)。濾光鏡(jing)(jing)系(xi)統必(bi)須有(you)效(xiao)地分離(li)開激發光和熒光。